Среди всех памятников Арцаха, Амарасский монастырь занимает особое место, т.к. его древняя деятельность была связана с началом распространения христианства в Арцахе и Утике. В последующие века монастырь оставался одним из известных очагов духовной и культурной жизни края.
Одно из разветвлений Муганской, или Арцахской равнины протягивается по руслу речки Амарас до невысоких гор Хазаз и Лусаворич. В центре этого ровного пространства расположен Амарасский монастырь.
По данным древнеармянских источников, еще в начале IV века Григорием Просветителем здесь была обоснована Амарасская церковь, строительство которой завершил внук Просветителя - епископ Григорис. В конце 30-х годов IV века монастырь уже был епархиальным центром и оставался таковым вплоть до XIX века.
В V веке, вероятно, во времена Вардановских войн (451 г.) Амарасский монастырь был разрушен. В этом не последнюю роль сыграли фанатичные персидские маги, которые не могли допустить, чтобы вблизи их страны пылал горн христианства. В конце того же века собор полностью восстановил царь Армянского Алуанка Вачаган Благочестивый. Известно также, что Месроп Маштоц, посетив Восточный край Армении, начал обучение армянской письменности именно с Амараса и, естественно, что здесь была основана первая армянская школа. В начале арабских нашествий монастырь вновь был разорен и восстановлен лишь в IX веке при покровительстве храброго дизакского князя Есаи Абу-Мусе.
В 1223 году монголо-татарские полчища ограбили и унесли сокровища Амараса, среди которых были хранящиеся с IV века посох Св.Григориса и золотой крест с 36 драгоценными камнями. Спустя полтора века, приблизительно в 1387г., Амарас, подобно десяткам других монастырей Арцаха стал жертвой набегов орд Тамерлана.
Новый расцвет Амараса приходится на вторую половину XVI века, когда благодаря усилиям епископа Петроса (родом из селения Гиши) весь комплекс был благоустроен. В это время в деревне Гергер сооружается и летняя резиденция епископа.
В первый период меликства Хамсы Амарас еще больше благоустраивается и становится одним из сокровенных святынь меликов Варанды. В XVIII веке мелик Варанды Шахназар II восстанавливает строения монастыря и сооружает вокруг него ограду. Он добавляет к комплексу множество новых комнат, келий и других подсобных помещений.
Надпись, высеченная на хачкаре найденном в Амарасе, датирована 925 годом. Таким образом, этот хачкар является одним из древних датированных стел. На хачкаре (ныне хранится в историко-краеведческом музее Арцаха) сохранились конечные части восьми строк и дата надписи.
Недалеко от Амараса, на древнем кладбище деревни Мачкалашен был найден хачкар, являющийся уникальным образцом средневековой резьбы по камню. Хачкар был воздвигнут в 1091 году. Здесь сообщается также имя мастера - Казар. Имя мастера резьбы по камню из долины Амарас долгое время оставалось неизвестным. Благодаря этой находке список средневековых армянских зодчих пополнился еще одним именем - Казар.
Во второй четверти XIX века Амарасский монастырь на некоторое время был превращен в таможню. Здесь находили приют торговые караваны, шедшие с Востока в Россию и в европейские страны.
Важное значение имеет подземный мартириум-часовня мученика Св.Григориса, расположенная под алтарем нынешней церкви. Усыпальница построена из тесаных камней, добытых в карьере на горе Хазаз. Она представляет собой прямоугольное помещение (размеры 3,7х1,9м.) высотой 3,5м с южным и западным входами (западный вход ныне заделан).
Нынешняя церковь Амараса была построена в 1858 году из гладкотесаного белого фельзита. Церковь имеет композицию трехнефной базилики (внешние размеры 23,9х13,5м). Молельня хорошо освещается помещенными в стенах тремя высокими и широкими (ширина снаружи 1,4м; изнутри - 2,0м) окнами.
Комплекс обведен прямоугольной в плане оградой с круглыми башнями по четырем углам. Длина ограды составляет 85м, ширина - 59м, высота - 5м. По всему периметру крепостных стен построены многочисленные жилые и подсобные помещения.