Թշնամուն Հայաստանից վտարելու վճռական փուլն սկսվեց XII դ. վերջին: Ազատագրական մարտերը գլխավորեցին Սարգիս Զաքարյանի որդիները՝ Զաքարե ամիրսպասալարը և Իվանե աթաբեկը (թագաժառանգի խնամակալը): Եղբայրները վրացական արքունիքի ամենաազդեցիկ գործիչներից էին և մարմնավորում էին հայ-վրացական զինական համագործակցությունը: Նրանց փառքը տարածված էր մոտիկ և հեռավոր երկրներում: Եղբայրների սխրանքներին ցնծությամբ էր հետևում ոչ միայն բուն երկրի, այլև Կիլիկիայի հայ բնակչությունը:
Սարգիս Զաքարյանի ու նրա որդիների դիրքերը հատկապես ամրապնդվեցին Թամար թագուհու (1184-1207) գահ բարձրանալուց հետո: Վրացական արքունիքն սկսեց նոր ազատագրված շրջանները շնորհել դրանք ազատագրած հայ զորավարներին: Այդ հեռանկարը ոգևորում էր Զաքարյան իշխաններին և նրանց հայ զորահրամանատարներին: Այդ ժամանակ ամիրայություններն արդեն կորցրել էին երբեմնի հզորությունը, և թուլացել էր հայ-վրացական զորքերին ցույց տրվող դիմադրությունը: Նախադրյալներ էին ստեղծվել զավթիչներին հայկական երկրամասերից արտաքսելու համար:
Թշնամու դեմ պայքարում առաջին խոշոր հաղթանակն Ամբերդ ամրոցի գրավումն էր: Զաքարեի և Իվանեի գլխավորած զորքերն առաջացան դեպի Հայաստանի կենտրոնական ու արևելյան շրջաններ: 1198թ. վերջնականապես ազատագրվեց Անին, շուտով թշնամին թողեց ամբողջ Շիրակը: Զաքարյան իշխանները զավթիչներին դուրս քշեցին նաև Արագածոտնից ու Այրարատյան դաշտից: 1203թ. Զաքարեի ու Իվանեի զորաբանակները մտան Դվին:
Ազատագրական մարտեր ծավալվեցին նաև Վայոց ձորում, Սյունիքում և Արցախում: Այդ կռիվներին ամենագործուն կերպով մասնակցում էր հայ բնակչությունը, որը զենքը ձեռքին թշնամուն դուրս էր շպրտում հայրենիքից: Այդ էր պատճառը, որ հայ-վրացական զորքերը կարողացան հարձակում ծավալել տարբեր ուղղություններով և ամենուր հաջողության հասան: Շարժվելով դեպի արևմուտք՝ նրանք գրավեցին Կարսը, իսկ հարավում՝ Բագրևանդը: Շարունակելով հարձակումը՝ Զաքարեն և Իվանեն հասան մինչև Արճեշ ու Մանազկերտ, բայց չկարողացան ամրանալ Հարավային Հայաստանում:
1207թ. Շահ-Արմենների տիրույթներն անցան Եգիպտոսի սուլթանի ազգականներին՝ Այուբյաններին, որից հետո Զաքարյաններն անհաջողություն կրեցին Խլաթ քաղաքի մատույցներում և դադարեցրին հետագա առաջխաղացումը: Զաքարեի և Իվանեի նախաձեռնած ազատագրական մարտերը շարունակեցին նրանց որդիները: Մինչև մոնղոլական արշավանքները, շուրջ կես դար, Զաքարյան իշխանների տարբեր ճյուղերը բազմաթիվ մարտեր մղեցին: Նրանց ջանքերով ազատագրվեց Գուգարքի, Արցախի, Ուտիքի, Սյունիքի և Այրարատի մեծ մասի հայ բնակչությունը: