Ժամանակի առաջադրած պահանջներով էր պայմանավորված նաև բնական գիտությունների վերելքը: Մաթեմատիկայի ասպարեզում կարևոր աշխատանք կատարեց Գրիգոր Մագիստրոսը: Նա է առաջին անգամ հայերեն թարգմանել Էվկլիդեսի «Երկրաչափությունը»: Ականավոր գիտնական Հովհաննես Իմաստասերը հարստացրեց ժամանակի թվաբանական գիտությունը, ուսումնասիրեց և բարեփոխեց հայկական օրացույցը: Այդ դարաշրջանի հայ գիտնականներն զբաղվել են նաև կենդանաբանության, կենսաբանության և բժշկագիտության հարցերով: Հայ բժիշկներից ամենահռչակավորը Մխիթար Հերացին էր: Նրա «Ջերմանց մխիթարություն» աշխատությունը շարադրված է ժամանակի խոսակցական լեզվով, որպեսզի բոլորը «կարդան և օգուտ քաղեն»: Հայ բժիշկները հիվանդություններն ուսումնասիրելու նպատակով նույնիսկ դիահերձումներ էին կատարում, ինչն արգելված էր Եվրոպայում: