Ղարաբաղյան շարժման առաջին օրերից Ադրբեջանի տարածքում բնակվող հայությունը սկսեց ենթակվել մշտական հարձակումների ու թալանի։ 1988թ. գարնանից սկսած Կիրովաբադից, Շամխորից, Խանլարից, Դաշքեսանից, Շաքիից և հայաշատ այլ բնակավայրերից հայ ազգաբնակչությունը թալանի ու բռնությունների ենթարկվելով զանգվածաբար արտաքսվեց։
Առավել ուժեղ ճնշումների ենթարկվեց Կիրովաբադի հայությունը։ Երկու շաբաթ շարունակ հայկական եկեղեցում հավաքված հայերը դիմադրություն ցույց տվեցին ադրբեջանական ամբոխին։ Քաղաք մտցվեցին զինվորական ստորաբաժանումներ, որոնք նույնպես հարձակման ենթարկվելով՝ ունեցան սպանվածներ և վիրավորներ։
Բռնագաղթվածների մեծ մասը չկարողացավ իր հետ դուրս բերել ունեցվածքը, և այն թալանվեց ադրբեջանցիների կողմից։ Միայն 1988թ. մարտից մինչև դեկտեմբեր Ադրբեջանից բռնագաղթվել են շուրջ 200 հազար հայեր։
Բռնագաղթի հաջորդ խոշոր ալիքը սկսվեց 1990թ. հունվարին, երբ մեկ շաբաթվա ընթացքում Բաքվում սպանվեցին 100-ից ավելի հայեր, իսկ շուրջ 200 հազարը ստիպված հեռացան քաղաքից։
1988 թ. աշնանը կազմակերպվեց Հայաստանից ադրբեջանցիների արտագաղթը։ Ընդ որում, եթե Ադրբեջանից գաղթող հայերը թալանվեցին ու հալածվեցին, ապա Հայաստանից գաղթող ադրբեջանցիների համար ընդունելի պայմաններ ստեղծվեցին։ Իրենց ունեցվածքը տեղափոխելու համար նրանց տրամադրվեց տրանսպորտ, հնարավորություն ընձեռվեց տները վաճառելու և այլնի համար։
Հայաստանում ստեղծված ծանր իրավիճակն ավելի վատթարացավ հայ ժողովրդի գլխին պայթած ծանր աղետի՝ երկրաշարժի հետևանքով։