Երկու տերությունների միջև սկսված պատերազմը կատարյալ արհավիրք էր հայ ժողովրդի համար: Ռազմական գործողությունները հիմնականում մղվում էին Հայաստանում՝ ավերածության ենթարկելով երկիրը: Պատերազմը փոփոխակի հաջողություններով շարունակվեց 20 տարի: Ի վերջո, Բյուզանդիան և Պարսկաստանը 591թ. հաշտություն կնքեցին, որով Հայաստանը երկրորդ անգամ բաժանվեց նրանց միջև: Կայսրությունը զգալիորեն ընդլայնեց իր սահմանները, Բյուզանդիային անցան Տուրուբերանը, Տայքը և Այրարատի մեծ մասը: Հայաստանի քաղաքական տրոհվածությունն ավելի խորացավ՝ դժվարացնելով երկրի տարբեր շրջանների միջև տնտեսական կապերի զարգացումը:
Բյուզանդիան չգնահատեց այն մեծ աջակցությունը, որ ցույց էին տվել հայերը: Բյուզանդական կայսրերը շարունակեցին վարել հայկական զինուժերը ոչնչացնելու քաղաքականություն: Մորիկ կայսեր հրամանով հայ նախարարական գնդերը տեղափոխվում էին հեռավոր երկրներ և կռվում կայսրության թշնամիների դեմ: Այս կերպ Բյուզանդիան կամենում էր կանխել հայերի ազատագրական շարժումները: Կայսրը միաժամանակ պարսից արքունիքին խորհուրդ էր տալիս նույն կերպ վարվել պարսկահպատակ հայերի հետ:
Հայ զորականները, սակայն, հաճախ չէին ենթարկվում կայսերական հրամաններին, գերադասում էին մնալ և կռվել Հայաստանում: Հայ իշխաններից Սմբատ Բագրատունին չենթարկվեց բյուզանդացիներին և ձերբակալվեց: Սակայն նա խիզախություն դրսևորեց՝ կրկեսում սպանելով իր դեմ արձակված արջին, ցուլին և առյուծին: Զարմացած և հիացած հանդիսականների պահանջով բյուզանդական կայսրը նրան ներում շնորհեց: