Տիրանալով Հայաստանի մեծ մասին՝ Բյուզանդիան առաջին հերթին ձգտում էր հնազանդ պահել երկիրը: Այդ նպատակով բյուզանդական կառավարիչներն աշխատում էին թուլացնել Հայաստանի ռազմական ուժերը: Հայ իշխաններին ընդարձակ կալվածքներ էին տալիս, տիտղոսներ շնորհում և տեղափոխում կայսրության խորքերը: Հայաստանում մնում էին միայն բյուզանդացիներին հավատարիմ հայ ազնվականները: Բնակչությունը պարտավոր էր բազմազան հարկեր վճարել, մասնակցել բերդերի ու քաղաքների պարիսպների ամրացմանը, ճանապարհների անցկացմանը: Բյուզանդական պաշտոնյաները կեղեքում էին երկիրը:
Բյուզանդացիները ջանում էին վերահսկել Հայոց եկեղեցուն և ամեն առիթով միջամտում էին նրա ներքին գործերին: Կայսրությունը, հասկանալով, որ կաթողիկոսությունը կարող էր համախմբել հայերին և դուրս բերել Բյուզանդիայի դեմ, դիմում էր կանխարգելիչ քայլերի: Այսպես, Անիի գրավման ժամանակ բյուզանդացիներին մեծ ծառայություն մատուցած Պետրոս Գետադարձ կաթողիկոսը կանչվեց Կոստանդնուպոլիս: Նա մի քանի տարի ապրեց կայսրության մայրաքաղաքում, բայց նրան այդպես էլ չթույլատրեցին վերադառնալ Անի: Նույնը կատարվեց նաև հաջորդ կաթողիկոսների հետ: Բյուզանդական կայսրությունը նրանց արգելում էր հաստատվել և գործել Հայաստանում: Բյուզանդացիները հայ իշխաններին ստիպում էին հրաժարվել հայոց դավանանքից: Նրանք մտադիր էին հարկի տակ դնել հայկական եկեղեցիներն ու վանքերը:
Հայաստանի համար ամենաաղետալին այն էր, որ բյուզանդացիները փորձում էին վերացնել հայկական զինուժը: Կայսրությունն սկսեց բնակչությունից զինվորական հարկ գանձել: Այսպիսով, Հայաստանը փաստորեն բախտի քմահաճույքին էր թողնված, ինչը սելջուկ-թուրքերին հնարավորություն տվեց անպատիժ ասպատակելու երկիրը: