Սելջուկ-թուրքերի հայտնվելը դժվարին դրության մեջ դրեց փոքր և ռազմականապես թույլ հայկական թագավորությունների ու իշխանությունների: 1065թ. Կարսի (Վանանդի) թագավոր Գագիկ Աբասյանը, սելջուկների ներխուժումից խույս տալու նպատակով, Բյուզանդիային հանձնեց իր տիրույթները՝ կալվածքներ ստանալով Փոքր Ասիայում: Միայն Սյունիքի ու Տաշիր-Ձորագետի թագավորությունները դիմացան սելջուկյան արհավիրքներին և գոյատևեցին ևս մի որոշ ժամանակ:
Հայկական թագավորությունների, ինչպես նաև իշխանությունների վիճակը հատկապես ծանրացավ XI դ. վերջերին: Այդ ժամանակ սկսվեց Սելջուկյան սուլթանության թուլացումն ու տրոհումը: Գահակալական անվերջ կռիվներից ու խռովություններից մեծապես տուժում էին նվաճված երկրները: Սելջուկյան պետության քայքայման պայմաններում հայկական թագավորությունները և իշխանությունները հերոսական պայքարի շնորհիվ վերականգնեցին իրենց անկախությունը և անգամ ընդարձակեցին իրենց տիրույթները:
Տաշիր-Ձորագետում XII դ. սկզբին իշխում էին Դավիթ և Աբաս եղբայրները, իսկ Սյունիքում՝ Գրիգոր թագավորը: Մի շարք հայկական իշխանություններ կարողացել էին իրենց գոյությունը պահպանել երկրի լեռնային ու դժվարամատչելի շրջաններում: Այսպես, Արծրունիների տոհմի մի ճյուղը տիրում էր Աղթամար կղզուն: Այդ իշխանությունը համառորեն հետ էր մղում թշնամիների հարձակումները և իր ձեռքում էր պահում Աղթամարն ու շրջակա գավառները: Սասունի Թոռնիկյանների իշխանությունը միակն էր Հարավային Հայաստանում, որ Մանազկերտի ճակատամարտից հետո պահպանեց իր անկախությունը: Սասունից բացի, Թոռնիկյանները տիրում էին Արածանիի միջին հոսանքում ընկած գավառներին: Սասունի իշխանությունը XII դ. իր շուրջն էր համախմբել շրջակայքի ավելի փոքր հայկական իշխանությունները և գլխավորում էր ազատագրական պայքարը: Թոռնիկյան իշխանը կամ, ինչպես արաբներն էին նրան անվանում, «Սասունի թագավորը» կարող էր պատերազմական դաշտ դուրս բերել մի քանի տասնյակ հազարանոց զորք:
Հայկական մանր իշխանություններ գոյություն ունեին նաև Հարավային Հայաստանի այլ գավառներում: Սյունիքի թագավորության հարևանությամբ հայկական իշխանությունների խիտ ցանց էր հաստատված Արցախում: Հատկապես հայտնի էին Խաչեն գավառի երեք իշխանությունները, որոնք մշտական կռիվների մեջ էին թշնամիների դեմ: