Անկախության վերականգնումից հետո ճարտարապետությունը կրկին բռնեց վերելքի ուղին: Սկսվեց միջնադարյան Հայաստանի առավել հայտնի վանական համալիրների կառուցումը: Տաղանդավոր Մանվել ճարտարապետն Աղթամար կղզում կառուցեց Սուրբ Խաչ հռչակավոր եկեղեցին, որը հայ ճարտարապետության գլուխգործոցներից է: Տաճարի պատերը զարդարված են հիանալի քանդակներով, իսկ ներքնապատերը՝ ճոխ որմնանկարներով: Աղթամարում Գագիկ թագավորի հրամանով կանգնեցվեց հանդիսավոր արարողությունների դահլիճ և սկսվեց նավահանգստի շինարարությունը: Անիի ամենանշանավոր կառույցը Մայր տաճարն է՝ Կաթողիկեն, որի ճարտարապետն էր հռչակավոր Տրդատը: Գագիկ Ա-ի հրամանով, ինչպես գիտեք, կառուցվեց նաև Անիի զվարթնոցատիպ եկեղեցին: Հայ ճարտարապետությունը ծաղկեց Հայաստանի ողջ տարածքում:
Սելջուկ-թուրքերի արշավանքների և տիրապետության շրջանում ճարտարապետությունն անկում ապրեց, սակայն Զաքարյանների օրոք նոր վերելք ունեցավ: Շարունակվեց վանական համալիրների շինարարությունը, որոնք լրացվեցին արհեստանոցներով, աղբյուրներով, մառաններով: Ճարտարապետական արվեստի հրաշալիք է Այրիվանքի (Գեղարդավանք) համալիրը՝ ժայռափոր եկեղեցիներով, խցերով, տնտեսական բնույթի կառույցներով: